¿motor incompatible?

buenas os comento,tengo un bmw e36 320i del año 1995 con motor 6 cilindros y vanos,resulta que hace un mes rompi el motor original del coche y tuve que conseguir otro en un desguace,el que consegui me lo monto el mecanico y hasta ahi bien encajo perfectamente.el problema viene que nos dimos cuenta que ese motor carece de vanos y el coche no regula bien la inyeccion y petardea bastante hasta llegar a calarse si no lo mantienes acelerado un poco.mi mecanico me dice que hay que volver a desmontarlo y traer uno con vanos,yo he preguntado por ahi y me dicen que le coloque la centralita original de ese motor y tiene que solucionarse pero tengo que resetearla para quitarle el bloqueo del arranque porque sino no arranca,lo que con la original del coche si hace y eso que no pertenece a dicho motor ,en fin me gustaria saber si haciendo eso se solucionaria el problema ya que resetear la centralita me cuesta 350 euros y no me gustaria gastar por gastar.gracias un saludo